Denton同自己的克隆体Alex取得了联系
在本作故事的开篇，芝加哥遭到了圣殿骑士极端分子的大规模攻击，主角Alex D所在的塔苏斯学院（Tarsus Academy，旨在培养全球未来精英的全球性教育机构）被彻底摧毁，Alex跟随着自己的三名好友兼同学Klara Sparks、Leo Jankowski 和Billie AdamsBillie 一同逃出生天。Adams告诉Alex D自己是隐修会派来的卧底，塔苏斯的培训计划其实是为了ApostleCorp的生物人改造提供活体实验材料。
在接下来的调查中，Alex D发现了关于身世的一个重大秘密——自己其实是JC Denton的一个克隆体。前作中一直在扮救世主的Denton，在将自己的意识同赫利俄斯(融合的过程中，其身体由于体内纳米机器人的技术缺陷而陷入了假死状态，只能被保存在冷冻槽中，在意识用AI融为一体之后，已经无法从人类的角度去思考问题，他的目标转变为建立所谓的“后人类文明”。
