《生化危机3》

故事随着1代之后，1998年，浣熊市迎来最后一个秋天。吉尔·瓦伦蒂安（Jill Valentine）仍留在城市里调查安布雷拉公司，但此刻美国联邦**决定以核弹彻底毁灭浣熊市，得知事态严重性后，吉尔展开了她的逃亡之旅。

病毒迅速地传播，大部分市民已经变成了丧尸。安布雷拉市故作姿态地派出“安布雷拉生化危机紧急对策部队（U.B.C.S.）”前往疏散市民。 卡洛斯·奥利维拉（Carlos Oliveira）是U.B.C.S.的一名雇佣兵。卡洛斯和吉尔相遇之后二人开始合作，试图逃出浣熊市这个人间地狱。

此刻一个黑色装束的怪物挡住了他们的去路。就是复安布雷拉欧洲分部派来的生化武器，追踪者（Nemesis），又名复仇女神，怪物的任务就是将所有S.T.A.R.S.成员至于死地。

追踪者干净利落地解决掉布莱德后，继续追踪吉尔以完成它的使命。强大的追踪者轻松打倒一个又一个的U.B.C.S.佣兵。逃至市**时，吉尔不幸受到追击者攻击而感染了T病毒，于是卡洛斯便到安布雷拉公司旗下的附属医院寻找解药。

吉尔康复过来之后，卡洛斯带来了震惊的消息。 美国**的导弹已经蓄势待发，浣熊市马上就会被夷为平地。就在吉尔和卡洛斯即将绝望的时候，他们联系上了一架赶来救援的直升机，但是已变异的面目全非的追击者依然不放过他们，在吉尔的顽强战斗下，追击者被电磁炮击碎，吉尔和卡洛斯搭乘直升机成功脱出，直升机驾驶员竟是1代随吉尔和克里斯共同逃生的巴瑞（Barry Burton）。

随着核弹的到来，浣熊市伴随着它的秘密与未解开的真相，化作了一片废墟。

《生化危机4》

里昂在浣熊市事件后过了6年化身为美国**直接统率的最高机密组织成员。

当时**的女儿阿什莉·格林汉姆遭到一个神秘的宗教团体的绑架。于是派里昂去拯救阿什莉，然后遇到了各种阻拦，以及寄生体样品的注射，还遇到了心仪女生艾达(生化危机2中相识的)。最后，通过重重困难，带着阿什莉离开了神秘村庄。

从这一代作品开始，《生化危机》系列抛弃了前几作重视解谜和恐怖气氛的固定风格，开始偏重射击和动作要素。本作更是开创了第三人称越肩视角射击游戏的先河，可以说深刻的影响了后来的《神秘海域》、《战争机器》等名作。