1997年，街机厅迎来了现象级格斗作品《拳皇97》，它的火爆让不少老牌格斗游戏黯然失色，部分街机厅老板甚至直接把大部分机台更换为拳皇97，想要玩一局老式街霸，往往要辗转多处才能找到设备。
当年街机厅流传着一则都市传说，游戏中可以选出暴走八神，不少孩子对此半信半疑，直到亲眼看见高手调出这个角色，传说才被证实。普通状态下的八神庵气质桀骜，而暴走八神如同不受约束的野兽，一旦被他命中，角色大半管血量会瞬间被清空。
正因暴走角色破坏力过于强悍，很多街机厅张贴告示禁止选用暴走八神，避免玩家因为对局矛盾爆发线下冲突。除暴走八神之外，本作还有暴走莉安娜，这两名角色的失控缘由，大蛇的恐怖实力，还有场景、结局当中埋藏的诸多细节，都是《拳皇97》留给玩家的趣味内容。
拳皇96大赛落幕之后，草薙京一跃成为学校里备受追捧的人物，这位常年留级的学生，格斗高手的身份被众人知晓，收获了不少追随者。
午休期间，草薙京被女友小雪叫醒，前来拜访的矢吹真吾一心想要拜入草薙京门下，学习操控火焰的本领。拗不过对方的执着，草薙京勉强收下这名弟子，可矢吹真吾并不具备草薙家族的血脉，无论如何练习都无法释放火焰。
但他凭借过人的毅力，把草薙京的招式模仿得惟妙惟肖，还拿到了拳皇97大赛的参赛资格，以个人选手的身份登场，在街机玩家群体里，他也有着火神徒弟、后排战神之类的外号，依靠蛮力冲撞的招式破坏力不俗。草薙京自然也参与本次大赛，搭档依旧是二阶堂红丸与大门五郎。
八神庵同样没有缺席这场盛会，大赛开赛之前，他便和草薙京交手，二人难分高下。就在战斗过程中，八神庵体内的力量开始躁动，险些陷入暴走。拳皇96中，高尼茨就曾经激活过他体内的大蛇之血，那次暴走之下，八神亲手杀死队友麦卓与薇丝。
这一回力量再度觉醒，八神庵实力暴涨，瞬间将草薙京击倒，所幸他的意识没有彻底沉沦，一边压制体内躁动的力量，一边迅速离开现场。
这一切，都被暗处的三人尽收眼底，他们表面是一支乐队的成员，红衣的七枷社、气质妖娆的夏尔米，还有少年模样的克里斯。八神庵还曾短暂担任乐队贝斯手，和同样擅长贝斯的七枷社本就存在竞争关系，见到八神报名拳皇大赛，七枷社也决定参赛。
为获取参赛邀请函，三人击败曾经在拳皇94登场的美国运动员队，夺走他们的邀请函，这支队伍曾在拳皇95遭遇邀请函被抢夺的经历，接连败给乐团三人，也侧面体现出这几人实力远不止普通乐手那么简单。
守护大蛇封印的神乐千鹤一直在暗中留意他们的动向，大蛇封印逐渐松动，她察觉到七枷社一行人以及本届大赛都和大蛇存在关联，于是决定以选手身份参赛探查真相。
恰逢女子格斗家队的藤堂香橙退赛，神乐千鹤便联系不知火舞与king，组建全新的女子格斗家队踏上赛场。
另一边，山崎龙二闯入极限流道场踢馆，他属于大蛇八杰集之一，只是尚未觉醒大蛇意志，行事随心所欲。坂崎琢磨、坂崎良等人不在道场，山崎龙二将道场其余人尽数打倒，准备离开时遇上比利。
吉斯一直对大蛇之力抱有浓厚兴趣，派遣比利参与大赛搜集情报，比利又找到山崎龙二，二人一拍即合组队参赛，队伍的第三人便是玛丽。
玛丽最早登场于饿狼传说3，拳皇95、96中只能在背景画面看到她观战的身影，到拳皇97正式成为可操作角色。出身格斗世家的玛丽，失去了父亲与男友，一直佩戴男友赠予的皮夹克，同时她身为警员，为调查山崎龙二的罪行主动接近对方，警察与恶徒就此组成一支特殊队伍。
回到道场的坂崎琢磨怒火中烧，安排坂崎良、坂崎百合、罗伯特组成龙虎之拳队参赛，打算在赛场正面击败山崎龙二，挽回道场的颜面。
其他经典队伍也悉数登场，特瑞、安迪、东丈组成饿狼传说队为荣誉作战；金家藩带着蔡宝奇、陈国汉参赛，希望通过修行感化两名弟子；怒之队的拉尔夫、克拉克、莉安娜同样前来参赛，莉安娜体内流淌大蛇之血，年少时的暴走事件直接夺走双亲性命，她也希望借大赛查清背后潜藏的阴谋。
拳皇97取消了固定主场设定，对战场景随机切换，每一处场景都带有鲜明地域特色，藏着不少制作组留下的彩蛋。
中国香港赛场布满广告牌，鞭炮与舞狮元素烘托出热闹氛围，画面内容丰富，甚至会超出基板的性能上限，对战过程中偶尔出现卡顿，场景左侧会随机出现不少系列老角色，king酒吧的服务生、丢失邀请函的美国运动员队，还有藤堂香橙的父亲藤堂龙白都在此处观战，藤堂香橙退赛正是为了寻找失踪的父亲，没想到对方跑来现场观赛。
韩国赛场取景景福宫建春门，场景内有虚构的赛事转播机构摄影师来回走动，赛事开场介绍中也会出现该机构名称。
摩纳哥赛场原型是蒙特卡洛赛车赛道，赛道弯道狭窄，是赛车手的噩梦，在游戏中这个场景也经常刷出暴走八神与暴走莉安娜。
日本赛场选用甲子园球场，画面视角容易让人误以为身处舞厅。美国梦幻乐园场景可以看到原型对应迪士尼马克吐温号的游轮，出于版权考量没有直接标注出处，屋顶摆放一枚导弹，如果怒之队在此对战，导弹就会替换成飞机，呼应怒之队一贯的坠机传统。
该对战平台搭建在水面之上，使用锤击地面的招式，背景会溅起水花。其余场景也有类似细节，日本场景捶地可以改变舞池灯光颜色，巴厘岛场景捶地会惊飞树上的飞鸟，韩国场景捶地能够让背景鼓手失去平衡，大量细节足以看出制作组的用心。
各路格斗家轮番交手，按照官方剧情，草薙京、二阶堂红丸、大门五郎一路过关斩将，就在前路即将打通之时，体内大蛇之力失控的八神庵突然现身阻拦，另一边莉安娜也被力量侵蚀，过往的噩梦重现，彻底陷入暴走。二人速度迅猛、攻势凶狠，可在电脑操控下战斗逻辑笨拙，战力提升却缺少战术判断。
拳皇96当中激活大蛇之血的高尼茨已经消亡，八神与莉安娜的暴走另有缘由，乐队三人正是大蛇八杰集余下的三大天王，高尼茨已经在拳皇96战败，七枷社、夏尔米、克里斯承接复活大蛇的计划。
他们计划借助拳皇大赛，汇聚一众格斗家的精神力量，转化为复活大蛇的意志，格斗家力量越强，复活后的大蛇实力就越强大，八神庵与莉安娜便是受到这股力量的影响发生暴走。他们还需要夺取草薙京的力量，完成复活大蛇最后的条件。
七枷社发动力量改变周遭环境，将众人转移到专门布置的异空间，用于榨取格斗家的力量。双方随即展开死斗，克里斯、夏尔米、七枷社的招式分别对应主角团的能力，宿命的对立感扑面而来，二阶堂红丸与大门五郎相继落败，只剩草薙京勉强战胜克里斯，局势陷入危急。
就在这时，神乐千鹤与恢复理智的八神庵赶来支援。八神家族祖上参与过大蛇封印，如今自己屡次被大蛇一族操控暴走，心高气傲的八神庵无法接受，哪怕和草薙京是宿敌，也要先解决大蛇的威胁。
复活大蛇除了需要格斗家的力量，还需要合适的肉身容器，七枷社等人早已查明，草薙京的女友小雪就是最佳容器，可面对三个人的阻拦，他们没有机会前去抓捕小雪，只能启动备选方案。
克里斯眼神空洞，身体漂浮升空，身形膨胀变化，大蛇就此借由他的躯体完成复活。即便并非完全形态，大蛇依旧拥有近乎神明的力量，不过游戏对局中玩家可以找到不少简单的应对方式，依靠普通拳脚投技就能够与之周旋。大蛇被击倒之后再度起身，再次催动力量，诱发八神庵体内大蛇之血，令他再度暴走。
出乎所有人预料，暴走的八神没有攻击草薙京，而是纵身跃至大蛇身前，死死掐住大蛇的脖颈。同一时刻，草薙京的眼前浮现火焰，八尺琼一族先祖的意识降临，将千年前的往事展现在草薙京眼前。
大蛇本是地球的意志化身，因为人类不断破坏自然，千八百年前便打算清除人类。想要获得完整实体，大蛇需要献祭八名少女，八杰集已经捕获七人，只差奇稻田姬未能得手，大蛇便被草薙、八尺琼、八咫三大家族联手封印，奇稻田姬得以存活，她正是小雪的先祖。
后来八尺琼一族受到大蛇蛊惑，与其签订契约换取大蛇之血，改姓八神，就此和草薙家族开启绵延世代的争斗，八咫家族则改姓神乐，世代守护封印。
先祖的灵魂希望草薙京放下家族恩怨，与八神庵、神乐千鹤联手完成封印。草薙京明白了封印大蛇的方法，三神器传人集结力量，草薙京打出最终决战奥义，力量经由八神庵传导，巨大能量掀起爆炸，大蛇再度被封印。
战斗过后，八神身受重伤，神乐千鹤只是受了轻伤，及时救下奄奄一息的八神庵，草薙京却在爆炸之中下落不明。
拳皇95、96、97合称大蛇三部曲，横跨一千八百年的大蛇故事就此落下帷幕，通关字幕也道出作品内核，格斗家守护了人类存续，可真正的威胁从来不是大蛇，而是人类自身的贪婪与短视，呼吁人们敬畏自然，减少纷争，守护赖以生存的星球。
除主线结局之外，各个参赛队伍都拥有专属结局。饿狼传说队通关之后，安迪立刻回到不知火舞身边，享受二人时光，特瑞独自漫步街头偶遇玛丽，官方并未确认二人的恋人关系，更多是友情之上的羁绊，特瑞把自己的帽子赠予玛丽，之后动身前往给养父扫墓。
比利与山崎龙二在赛事结束之后分道扬镳，比利终于完成心愿，在大赛当中击败八神庵报了旧仇，随后向吉斯汇报山崎龙二属于八杰集成员的情报，没料到山崎龙二闯入办公室打劫，双方爆发混战。
龙虎之拳队结束比赛，在路上撞见戴着天狗面具的坂崎琢磨，这个面具源自龙虎之拳初代的剧情，众人见到对方依旧故技重施，纷纷上前与其交手。
女子格斗家队尘埃落定之后，带着king的弟弟前往游乐场游玩，神乐千鹤身负守护封印的重担，内心依旧满是沉重，在孩童的逗趣之下，才稍稍放下心事。
金家藩认为两名弟子已经改过自新，兑现承诺释放二人，可登上离开的航班之后，陈国汉与蔡宝奇便开始谋划抢劫，殊不知金家藩也坐在同一架飞机上，他感慨数年的改造依旧不够，决定用一生去引导两名弟子。
莉安娜在怒之队结局里面对夕阳，回想起亲手害死双亲的过往，萌生轻生的念头，拉尔夫及时制止并开导她，让她放下过往的自责，把头巾递给莉安娜，告诉她从此不再孤身一人。
超能力战士队的麻宫雅典娜收到腿疾女孩勋的来信，回信附赠赛事入场券，鼓励对方来到现场。受到粉丝的鼓舞，队伍一路击败强敌，亲眼见证战斗结束的勋情绪激动，原本行动不便的双腿奇迹般站起，虽然险些摔倒，被雅典娜稳稳接住，后续腿疾彻底痊愈，还在拳皇2000作为援护角色登场。
如果使用大蛇八杰集的三名天王通关，会触发特殊结局，七枷社发现收集到的力量不足以完成大蛇的完美复活，于是先后献祭夏尔米、克里斯，最后献祭自己，大蛇得以苏醒，而他们都可以历经漫长岁月再度复苏。
游戏内还存在多组特殊组队，通关后可以看到不一样的结局动画。不知火舞、坂崎百合、king组队，能够看到三人带着king的弟弟在海边嬉戏，复刻拳皇94、95的女子格斗家元老阵容。拉尔夫、克拉克搭配麻宫雅典娜组队，角色会换上复古造型，拉尔夫、克拉克还原街机《怒》的形象，雅典娜复刻早期街机作品的模样。
草薙京、特瑞、坂崎良可以组成横跨三大系列的主角巨星队，红丸、东丈、金家藩也能组成趣味组合，陈国汉、蔡宝奇加上山崎龙二可以凑成全员恶人的恶人队，草薙京、比利、不知火舞组队，则是一套全部带有火焰能力的特殊阵容。
大蛇虽被封印，草薙京却下落不明，两年之后他再度回归，同时出现多名冒用草薙京样貌的复制人，神秘改造人K’登场，拥有操控火焰的能力，向制造自己的组织发起反抗，这些故事，便是拳皇99的剧情。
【编辑：老孙聊游戏】
