某日，一群海盗无意中闯入奇迹之海，海盗船停靠在了空中都市的米奇小镇。海盗们为一张神秘的藏宝图们开展了一场激烈争斗，唯一幸存的海盗船长却中了风，临死前他把藏宝图交给了米奇。于是，米奇组织了包括唐老鸭、米妮、黛丝、高飞、布鲁托等人在内的探险队循着图指引的方向出发了。
经历了九死一生的旅程后，探险队终于到达了传说中小岛，不料却遭到了海盗的埋伏。船上水手独腿人乘机夺取了探险队的藏宝图。原来独腿人就是声名狼藉的大盗，他秘密混进了米奇探险队，潜伏这么长时间为就那批财宝。
现在整个探险队落入了海盗的控制，唐老鸭等人又被设计困了在荒岛上，只有米奇和米妮同海盗们展开了一场斗智斗勇的竞赛！
独腿人为了获得海盗的支持，将藏宝图献给了小岛上最著名的海盗首领希尔。为了独吞财富希尔设下圈套，意欲陷害其余享有声望的船员。没想到纸终于包不住火，一个年轻水手发现了这个阴谋，并告诉了船上其余人。
船员们十分愤怒，动用刑法要把希尔丢进大海，巫师警告大家如果杀死自己首领一定会遭天谴，受到诅咒，但大家还一意孤行。本以为会死去得希尔船长，没想到自己竟然来到了另一个时空，并神奇般的遇上了米奇探险队。
希尔船长没想到曾被自己陷害过的米奇等人竟然为自己疗伤并悉心照顾。为了报答米奇等人的好心照料，希尔船长决定和米奇、米妮、唐老鸭等人一起寻找宝藏，并揭开其中的秘密。
在出海途中，一群人遇上了意外，被一阵烟雾带回到了奇迹之海，原来宝藏就在奇迹之海的空中都市……
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